В Томскую уголовно-исполнительную систему входят: лечебное исправительное учреждение, три исправительных колонии, две воспитательных колонии, два следственных изолятора и уголовно-исполнительная инспекция в составе двадцати трех филиалов.
   Численность спецконтингента на 01.01.2012 г. составила 5278 человек, что на 17% меньше по сравнению с 01.01.2011 г. В воспитательных колониях осталось 90 осужденных подростков, за год их численность уменьшилась на 26%. Прогнозируется дальнейшее уменьшение количества осужденных в исправительных колониях: во-первых, суды все чаще за преступления небольшой тяжести назначают наказание без лишения свободы, во-вторых, продолжается перераспределение осужденных в соответствии со ст.80 УИК в другие регионы.
   В 2011 году оперативными подразделениями УФСИН при проведении профилактических мероприятий было предотвращено 1967 преступлений. 502 преступления раскрыли сотрудники милиции по оперативной информации из учреждений УФСИН. При попытке доставки в места лишения свободы изъято 118,06 грамм наркотиков и 265 сотовых телефонов.
   На учете в уголовно-исполнительных инспекциях состояло в течение 2011 года 10399, осужденных без изоляции от общества, среди которых 399 несовершеннолетних. Это на 9% меньше аналогичного показателя 2010 года.
   Оказание квалифицированной медицинской помощи подследственным и осужденным – одна из важнейших задач УФСИН. Количество больных в этом году снижено благодаря усилиям пенитенциарных медиков. Сейчас в исправительных учреждениях содержится 141 ВИЧ–инфицированный, 344 больных туберкулезом, 989 человек с психическими расстройствами и 236 инвалидов. Всем категориям больных оказывается медицинская помощь. Сотрудники медицинского отдела и врачи исправительных учреждений повышают свою квалификацию, участвуя во всероссийских конференциях и обучающих семинарах.
   Продолжается реформа томской уголовно-исполнительной системы. В рамках реализации «Концепции развития уголовно-исполнительной системы до 2020 года» работают комиссии по перепрофилированию учреждений, проведен мониторинг предполагаемой численности осужденных по видам режимов, подготовлено финансово-экономическое обоснование, проекты учреждений, разработанных на основе моделей тюрем и колоний-поселений нового типа.
   Первым в 2014 году будет перепрофилирован Следственный изолятор №2 в Колпашево в тюрьму общего режима. В 2015 году на месте воспитательной колонии №1 в Дзержинском будет открыта колония-поселение с общим наблюдением, а в 2016 году исправительная колония №3 станет колонией-поселением с усиленным наблюдением. Асиновскую исправительную колонию №2 в 2017 году перепрофилируют в тюрьму усиленного режима, а исправительную колонию №4 - в тюрьму общего режима. Лечебно-исправительное учреждение №1 не изменит свой медицинский профиль. Воспитательная колония №2 станет воспитательным центром, в котором будут содержаться осужденные девушки до 19 лет (возможно, и до 21 года, по проектам законодательства). В районе поселка Кузовлево запланировано строительство тюрьмы общего режима с лимитом наполнения 1200 человек.
   Осужденных совершеннолетних томичек по-прежнему будут этапировать за пределы области, строительство женской тюрьмы не предполагается. Таким образом, в томской пенитенциарной системе к 2018 году будут представлены все виды режимов, кроме особого. В новых учреждениях будет применяться инновационная интегрированная система безопасности и видеонаблюдения, повышающая эффективность надзора за поведением осужденных.
   На перепрофилирование следственного изолятора и колоний в исправительные учреждения нового типа без учета строительства дополнительных корпусов потребуется, по расчетам томского УФСИН, около 3,8 млрд. рублей. На строительство новой тюрьмы в районе п. Кузовлево необходимо около 2 млрд рублей.